MARTIN BLIŠŤANUPJS IT Student ★ Head of radio moderators of college radio ŠtuRKo
Diploma thesis
Presentation
About diploma thesis
Predikcia sekundárnej štruktúry RNA reťazcov
Autor práce:
Bc. Martin Blišťan
Vedúci práce:
doc. RNDr. Gabriela Andrejková, CSc.
Ciele práce:
1. Spracovať motívy sekundárnej štruktúry RNA reťazcov a prehľad algoritmov pre jej hľadanie.
2. Zamerať pozornosť na algoritmy, ktoré nevyužívajú dynamické programovanie. Hľadať vylepšenia týchto algoritmov. Hľadať možnosti ich paralelizácie.
3. Navrhnutý vylepšený algoritmus naprogramovať, otestovať na benchmarkových dátach a vyhodnotiť.
Sources
1. F. Ortuňo, I. Rojas (ed.):Bioinformatics and Biomedical Engineering. Proceedings of the conference IWBBIO 2015, Granada.
1. F. Ortuňo, I. Rojas (ed.): Bioinformatics and Biomedical Engineering. Proceedings of the conference IWBBIO 2015, Granada.
2. F. W. D. Huang, J. Qin, Ch. M. Reidys and P. F. Stadler: Target prediction and a statistical sampling algorithm for RNA–RNA interaction. Bioinformatics, Vol. 26 no. 2 2010, pages 175–181
3. J. Hales, J. Manuch, Y. Ponty, l. Stacho: Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm. Fernando Cicalese; Ely Porat. CPM - 26th Symposium on Combinatorial Pattern Matching. June 2015, Ischia Island, Italy, LNCS 2015.
4. S. P. T. Krishnan, B. Veeravalli: A Matrix Algorithm for RNA Secondar Structure Prediction. Proceeding PRIB'10 Proceedings of the 5th IAPR international conference on Pattern recognition in bioinformatics, p. 337-348, Springer-Verlag Berlin, Heidelberg, 2010 .
5. N. C. Jones, P. A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press, 2004.